Cách kê khai hóa đơn đầu vào bị bỏ sót từ 01/07/2025

Hướng dẫn cách kê khai hóa đơn đầu vào bị bỏ sót đảm bảo tính minh bạch, hợp pháp của hồ sơ khai thuế theo quy định pháp luật. Tham khao ngay.

1. Hóa đơn bỏ sót kê khai vào kỳ nào?

Căn cứ điểm đ khoản 1 Điều 14 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 có hiệu lực từ 01/07/2025 quy định:

Khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào
1. Cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế được khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào như sau:

…

đ) Thuế giá trị gia tăng đầu vào phát sinh trong tháng, quý nào được kê khai, khấu trừ khi xác định số thuế phải nộp của tháng, quý đó. Số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết trong tháng, quý thì được khấu trừ vào tháng, quý tiếp theo.
Trường hợp cơ sở kinh doanh phát hiện số thuế giá trị gia tăng đầu vào khi kê khai, khấu trừ bị sai, sót thì được khai thuế trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế như sau:
Người nộp thuế thực hiện khai bổ sung vào tháng, quý phát sinh số thuế giá trị gia tăng đầu vào bị sai, sót nếu việc khai thuế vào tháng, quý phát sinh số thuế giá trị gia tăng đầu vào bị sai, sót làm tăng số thuế phải nộp hoặc giảm số thuế được hoàn; người nộp thuế phải nộp đủ số tiền thuế phải nộp tăng thêm hoặc bị thu hồi số tiền thuế đã được hoàn tương ứng và nộp tiền chậm nộp vào ngân sách nhà nước (nếu có).
Người nộp thuế thực hiện khai vào tháng, quý phát hiện sai, sót nếu việc khai thuế vào tháng, quý phát sinh số thuế giá trị gia tăng đầu vào bị sai, sót làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc chỉ làm tăng hoặc giảm số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ chuyển sang tháng, quý sau.

Theo quy định của Luật mới có hiệu lực từ ngày 01/7/2025, việc kê khai hóa đơn đầu vào được thực hiện theo hai trường hợp sau:

TH1:  Kê khai tại kỳ phát sinh (kỳ bị sai, sót)

Trường hợp số thuế giá trị gia tăng đầu vào phát sinh sai sót dẫn đến việc tăng số thuế phải nộp hoặc giảm số thuế được hoàn, người nộp thuế phải thực hiện kê khai bổ sung tại kỳ phát sinh sai sót.

TH2: Kê khai tại kỳ phát hiện

Trường hợp số thuế giá trị gia tăng đầu vào phát sinh sai sót làm giảm số thuế phải nộp hoặc chỉ làm tăng, giảm số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ chuyển sang các kỳ tiếp theo, người nộp thuế thực hiện kê khai bổ sung tại kỳ phát hiện ra sai sót.

Như vậy, từ ngày 01/7/2025, trường hợp cơ sở kinh doanh phát hiện kê khai thiếu hóa đơn đầu vào thì sẽ thực hiện kê khai bổ sung tại kỳ phát hiện sai sót, làm giảm số thuế phải nộp hoặc làm tăng số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ chuyển sang kỳ sau.

Trong thực tiễn, việc doanh nghiệp kê khai hóa đơn đầu vào bị bỏ sót có thể dẫn đến những rủi ro về pháp lý và ảnh hưởng đến nghĩa vụ thuế nếu không xử lý kịp thời, đúng phương pháp. Để chủ động phòng tránh sai sót cũng như đảm bảo minh bạch, nhiều đơn vị đã ưu tiên ứng dụng các giải pháp công nghệ trong quản trị hóa đơn. Trong đó, phần mềm hóa đơn điện tử MISA meInvoice đang trở thành lựa chọn hàng đầu, hỗ trợ doanh nghiệp quản lý, lưu trữ và đối chiếu hóa đơn tự động, góp phần giảm thiểu trường hợp bỏ sót hóa đơn đầu vào và nâng cao hiệu quả tuân thủ quy định pháp luật.

2. Cách kê khai hóa đơn đầu vào bị bỏ sót

2.1. Hồ sơ kê khai bổ sung

Khi người nộp thuế phát hiện có sót trong hồ sơ khai thuế đã nộp cho Cơ quan thuế thì được phép khai bổ sung hồ sơ khai thuế trong vòng 10 năm kể từ ngày hết hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế đã xảy ra sai, sót song phải trước khi CQT/Cơ quan có thẩm quyền có quyết định thanh kiểm tra doanh nghiệp.

Tại Khoản 4 Điều 7 Nghị định 126/2020/NĐ-CP, được hướng dẫn bởi Khoản 1, Khoản 2 Điều 3 Thông tư 06/2021/TT-BTC:

Cũng theo đó, hồ sơ khai bổ sung hồ sơ khai thuế bao gồm:

• Tờ khai bổ sung;
• Bản giải trình khai bổ sung và các tài liệu có liên quan.

Xem thêm: Cách nộp tờ khai bổ sung trên thuế điện tử chỉ qua 4 bước

Với mặt hàng xuất nhập khẩu, việc khai bổ sung hồ sơ khai thuế cần thực hiện theo quy định pháp luật về hải quan.

MISA meInvoice – Tải hoá đơn tự động từ nhà cung cấp, phát hiện và cảnh báo rủi ro hóa đơn đầu vào TƯ VẤN & DEMO 1:1 CÙNG CHUYÊN GIA MIỄN PHÍ!

2.2. Các bước thực hiện kê khai

Theo quy định tại khoản 4 Điều 7 Nghị định 126/2020/NĐ-CP, người nộp thuế có thể nộp hồ sơ khai bổ sung cho từng hồ sơ khai thuế có sai sót. Cụ thể như sau:

• Nếu khai bổ sung không làm thay đổi nghĩa vụ thuế: Doanh nghiệp chỉ phải nộp Bản giải trình khai bổ sung và các tài liệu có liên quan mà không phải nộp Tờ khai bổ sung.
• Nếu doanh nghiệp chưa nộp hồ sơ khai quyết toán thuế năm: Doanh nghiệp thực hiện khai bổ sung hồ sơ khai thuế của tháng, quý có sai sót, đồng thời tổng hợp số liệu khai bổ sung vào hồ sơ khai quyết toán thuế năm.
• Nếu doanh nghiệp đã nộp hồ sơ khai quyết toán thuế năm: Doanh nghiệp chỉ khai bổ sung hồ sơ khai quyết toán thuế năm; riêng với trường hợp khai bổ sung tờ khai quyết toán thuế thu nhập cá nhân đối với tổ chức, cá nhân trả thu nhập từ tiền lương, tiền công thì đồng thời phải khai bổ sung tờ khai tháng, quý có sai sót tương ứng.
• Trong trường hợp người nộp thuế khai bổ sung dẫn đến tăng số thuế phải nộp hoặc giảm số thuế đã được ngân sách nhà nước hoàn trả thì phải nộp đủ số tiền thuế phải nộp tăng thêm hoặc số tiền thuế đã được hoàn thừa và tiền chậm nộp vào ngân sách nhà nước (nếu có).
• Trường hợp khai bổ sung chỉ làm tăng hoặc giảm số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ chuyển kỳ sau thì phải kê khai vào kỳ tính thuế hiện tại. Doanh nghiệp chỉ được khai bổ sung tăng số thuế giá trị gia tăng đề nghị hoàn khi chưa nộp hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế tiếp theo và chưa nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế.

3. Lưu ý khi kê khai hóa đơn đầu vào bị bỏ sót

Một số lưu ý khi doanh nghiệp thực hiện kê khai bổ sung hóa đơn đầu vào bị bỏ sót:

• Thời điểm được phép khai bổ sung (khoản 6 Điều 6 Luật số 56/2024/QH15 sửa đổi, bổ sung, bãi bỏ một số khoản của Điều 47 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14)
  • Người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp cho cơ quan thuế có sai sót
  • Bổ sung được thực hiện trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định thanh tra, kiểm tra.
• Thời hạn khai bổ sung (khoản 6 Điều 6 Luật số 56/2024/QH15 sửa đổi, bổ sung, bãi bỏ một số khoản của Điều 47 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14)
  • 10 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai, sót nhưng trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định thanh tra, kiểm tra.
  • Vẫn được bổ sung sau khi có quyết định thanh tra, nhưng bị phạt (nếu tăng thuế hoặc giảm khấu trừ); nếu giảm thuế/tăng khấu trừ thì xử lý theo khiếu nại.
• Khấu trừ thuế GTGT đầu vào (Luật Thuế GTGT 2024):
  • Đối với hoạt động chịu thuế: Khấu trừ toàn bộ, kể cả tổn thất/hao hụt tự nhiên.
  • Đối với hoạt động đồng thời chịu thuế và không chịu thuế:
    • Chỉ khấu trừ phần phục vụ hoạt động chịu thuế.
    • Phải hạch toán riêng thuế được/không được khấu trừ.
    • Nếu không hạch toán riêng được: Phân bổ theo tỷ lệ % doanh thu chịu thuế / tổng doanh thu.
• Các hành vi nghiêm cấm trong khấu trừ/hoàn thuế GTGT (Điều 13 Luật Thuế GTGT 2024):
  • Mua bán, môi giới, quảng cáo hóa đơn.
  • Tạo giao dịch giả, không có thật.
  • Lập hóa đơn khi tạm ngừng kinh doanh (trừ hợp đồng đã ký trước).
  • Sử dụng hóa đơn/chứng từ không hợp pháp.
  • Không chuyển dữ liệu hóa đơn điện tử cho cơ quan thuế.
  • Làm sai lệch, phá hủy hệ thống hóa đơn.
  • Hối lộ, thỏa thuận bao che để khấu trừ/hoàn thuế trái phép, trốn thuế.