Do nhầm lẫn nên xảy ra rất nhiều trường hợp: Kế toán Doanh nghiệp kê khai 2 lần cùng 1 số hóa đơn đầu vào. Tùy vào từng thời điểm phát hiện sai sót để xác định cách xử lý hóa đơn đầu vào phù hợp, chi tiết được MISA meInvoice hướng dẫn tại bài viết.
>> 6 Điều Doanh nghiệp cần NẮM RÕ về hóa đơn điện tử
>> Hóa đơn điện tử xuất sai thời điểm có được kê khai khấu trừ thuế GTGT không?
>> Thủ tục thông báo phát hành hóa đơn điện tử lần đầu qua mạng
1. Quy định về cách xử lý hóa đơn sai sót
Căn cứ theo thông tư 91/2026/TT-BTC có hướng dẫn cách xử lý hóa đơn sai sót như sau:
- Các trường hợp xử lý hóa đơn đầu vào
- Bỏ sót hóa đơn đầu vào: Kê khai bổ sung vào kỳ phát hiện (kỳ hiện tại).
- Hóa đơn sai sót (đã kê khai nhưng sai thông tin):
- Người bán lập hóa đơn điều chỉnh hoặc thay thế.
- Người mua kê khai bổ sung theo hóa đơn điều chỉnh/thay thế nhận được.
- Nguyên tắc kê khai bổ sung (“sai đâu sửa đó”):
- Nếu bổ sung/điều chỉnh làm tăng thuế GTGT phải nộp hoặc giảm thuế được hoàn của kỳ gốc >> Kê khai bổ sung tờ khai kỳ gốc.
- Nếu chỉ ảnh hưởng đến thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển kỳ sau >> Kê khai vào kỳ phát hiện (không cần bổ sung kỳ gốc).
Doanh nghiệp tải tài liệu quy định, thông tin, hướng dẫn,… MỚI NHẤT về hóa đơn điện tử TẠI ĐÂY nhé!
2. Các bước xử lý cụ thể cho hóa đơn đầu vào kê khai lần 2
Để kê khai hóa đơn đầu vào lần 2 bạn thực hiện theo các bước sau:
- Bước 1: Kiểm tra và xác định sai sót:
- So sánh dữ liệu hóa đơn với chứng từ gốc, sổ sách kế toán.
- Xác định kỳ kê khai ban đầu (kỳ gốc).
- Bước 2: Yêu cầu người bán xử lý:
- Người bán lập hóa đơn điều chỉnh (tăng/giảm) hoặc thay thế (nếu sai lớn).
- Hóa đơn điều chỉnh/thay thế phải ghi rõ: “Điều chỉnh cho hóa đơn số… ký hiệu… ngày…” (theo mẫu quy định).
- Một số trường hợp chỉ cần Mẫu 04/SS-HĐĐT (thông báo sai sót) mà không cần lập hóa đơn điều chỉnh mới (mở rộng theo TT 91).
- Bước 3: Kê khai bổ sung trên hệ thống thuế:
- Sử dụng phần mềm kê khai thuế điện tử (HTKK, iHTKK, eTax…).
- Nộp Tờ khai thuế GTGT bổ sung cho kỳ gốc (nếu cần) + Bản giải trình khai bổ sung, điều chỉnh (Mẫu 01/KHBS).
- Kê khai số thuế GTGT đầu vào bổ sung/khấu trừ theo hóa đơn điều chỉnh.
- Gửi Bảng tổng hợp dữ liệu hóa đơn (nếu áp dụng).
- Bước 4: Thời hạn:
- Được kê khai bổ sung trong 10 năm kể từ ngày nộp tờ khai gốc, nhưng trước khi cơ quan thuế thanh tra/kiểm tra.
- Tự phát hiện sai sót → Nộp trước khi cơ quan thuế thông báo.
- Bước 5: Lưu trữ hồ sơ:
- Giữ biên bản xác nhận sai sót (nếu có), hóa đơn điều chỉnh/thay thế, tờ khai bổ sung, giải trình.
3. Một số lưu ý quan trọng khi kê khai hóa đơn đầu vào
Một số điều cần lưu ý:
- Sử dụng phần mềm kê khai thuế điện tử kết nối trực tiếp (eTax, iHTKK) để giảm lỗi.
- Kiểm tra lại Bảng tổng hợp dữ liệu hóa đơn trước khi gửi (nếu áp dụng).
- Đối với hóa đơn sai sót do sự kiện phát sinh sau (trả hàng, chiết khấu, hủy hợp đồng…) >> Kê khai vào kỳ hiện tại (kỳ nhận hóa đơn điều chỉnh).
- Doanh nghiệp có rủi ro cao (thường xuyên sai sót, nợ thuế…) có thể bị cơ quan thuế yêu cầu giải trình thêm.
Trên phần mềm hóa đơn điện tử MISA meInvoice cho phép người bán, người mua xử lý đầy đủ các nghiệp vụ quản lý hóa đơn. Phần mềm đáp ứng đầy đủ nghiệp vụ theo Thông tư 32/2011/TT-BTC, Thông tư 39/2014/TT-BTC và sẵn sàng đáp ứng Nghị định 254/2026/NĐ-CP, Thông tư 91/2026/TT-BTC.
MISA meInvoice được hơn 100,000 DN đang sử dụng và Cơ quan Thuế trên khắp cả nước đánh giá cao về tính tiện ích của phần mềm, chất lượng và hỗ trợ nhiệt tình:
- Phần mềm cho phép DN lập, phát hành và quản lý hóa đơn mọi lúc mọi nơi trên Mobile, website, desktop
- Dễ dàng kết nối với hơn 60 phần mềm kế toán, bán hàng, quản trị phổ biến giúp DN tiết kiệm hơn 80% thời gian nhập liệu
- Đáp ứng đầy đủ các mẫu hóa đơn theo mọi lĩnh vực ngành nghề và quy định ban hành
- Báo cáo, tra cứu, điều chỉnh,… hóa đơn nhanh chóng, dễ dàng
- …
Để doanh nghiệp dễ dàng sử dụng, MISA hỗ trợ tối đa chi phí triển khai hóa đơn điện tử. Khách hàng có nhu cầu dùng thử MIỄN PHÍ phần mềm hóa đơn điện tử MISA meInvoice của MISA vui lòng liên hệ Hotline: 090 488 5833 hoặc ĐĂNG KÝ tại:
>> Thủ tục hủy hóa đơn giấy chuyển sang hóa đơn điện tử MỚI NHẤT
>> 4 Tính năng tiện dụng khi sử dụng hóa đơn điện tử bạn nên biết
>> Chuyển đổi sang hóa đơn điện tử sớm: Việc hôm nay chớ để ngày mai
